Der Auftrag für eine Orgel ging an Johann Anton Braun aus Spaichingen, der 1811 bis 1812 die Chororgel im Kloster Einsiedeln überarbeitet hatte und nun in Gersau bis 1813 mit seinem wohl ersten Orgelneubau betraut war. Brauns Angebot nennt 28 Register mit einer für ihre Entstehungszeit etwas gewagten Disposition, die er 1815 noch um ein Register vervollständigte.

Bei tiefgreifenden Umbauten 1875 durch Schefold aus Beckenried sowie 1885 durch Goll aus Luzern ging historisches Material verloren. 1938/39 wurde das Werk durch Metzler aus Dietikon auf 3 Manuale erweitert, wobei über dem Gehäuse ein Kronpositiv mit Freipfeifenprosekt zu stehen kam. Für die Aufstellung eines freistehenden Spieltisches mit mechanischer Spiel- und elektropneumatischer Registertraktur, zahlreichen Koppeln und einer Crescendowalze sowie eines Barkerhebels für das I. Manual wurden der gasamte Orgelunterbau neu angelegt und eine moderne Windanlage installiert. Im klanglichen Bereich blieben der Grossteil der bestehenden Pfeifen Brauns sowie dessen Windladen erhalten.